El sistema digestivo de los reptiles es completo y similar al de los mamíferos. Algunas especies poseen dientes, que suelen reemplazar periódicamente, mientras que otras, como es el caso de los quelonios, carecen de ellos. Por lo que respecta a las serpientes, poseen colmillos huecos por los que transportan el veneno.
El aparato digestivo de los reptiles lo constituye la boca, por lo general grande, la faringe, en este caso corta, a la que le sigue un esófago alargado que conduce al estómago. Este comprende una cavidad esférica de gran tamaño y una pequeña región pilórica que comunica con el intestino delgado, y este con el recto. El recto suele ser mayor que el intestino delgado y desemboca en la cloaca y el ano. La cloaca es utilizada por los reptiles como desembocadura del sistema digestivo, así como del sistema excretor y reproductor.
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